2006년 11월 30일 목요일
Radiohead - Arpeggi
새로운 곡... radiohead의 특징이 잘 살아있는 곡인 것 같다..
약간 새로운 모습이 보이기도 하지만...
Radiohead
Arpeggi
Wolverhampton Civic Hall
16 May 2006
Lyrics
2006년 11월 29일 수요일
2006년 11월 28일 화요일
2006년 11월 26일 일요일
2006년 11월 25일 토요일
Brain Flattening 2
- 이전의 data를 이용해서 Normalize Intensity를 하면 눈이나 두개골이 완전히 제거되지 않는 문제가 있다.
- scan을 할때 scanner안의 Hot spot에 brain의 중심이 제대로 있지 못했기 때문에 field map이 균일하지 못하다. 이 field map은 signal의 intensity를 결정한다. 따라서 안구나 두개골 부분의 signal이 더 크게 되고, 프로그램이 두개골과 withe matter를 구분하지 못하는 문제가 생긴다.
따라서 이 inhomogeneity를 교정해줄 필요가 있다. 아래에서는 그 방법을 설명한다.
1. 2개의 scan이미지를 합친 data를 만든다.
2. preprocessing을 한다.
3. pp image를 가지고 VolumeViewer에서 White matter mask를 2개를 만든다.
- 하나는 두개골을 포함하지 않는 overlay (WM_org)
- pp image를 절반으로 자른 image를 준비한다.
- 최대한 white matter를 많이 포함하는 overlay를 준비한다. (WM_half)
4. matlab에서 3개의 image로 inhomogeniety correction을 한다.
5. 이후는 Normalize Intensity과정부터 Jonas의 홈페이지에 나온 instruction 대로 하면 된다.
- scan을 할때 scanner안의 Hot spot에 brain의 중심이 제대로 있지 못했기 때문에 field map이 균일하지 못하다. 이 field map은 signal의 intensity를 결정한다. 따라서 안구나 두개골 부분의 signal이 더 크게 되고, 프로그램이 두개골과 withe matter를 구분하지 못하는 문제가 생긴다.
따라서 이 inhomogeneity를 교정해줄 필요가 있다. 아래에서는 그 방법을 설명한다.
1. 2개의 scan이미지를 합친 data를 만든다.
2. preprocessing을 한다.
3. pp image를 가지고 VolumeViewer에서 White matter mask를 2개를 만든다.
- 하나는 두개골을 포함하지 않는 overlay (WM_org)
- pp image를 절반으로 자른 image를 준비한다.
- 최대한 white matter를 많이 포함하는 overlay를 준비한다. (WM_half)
4. matlab에서 3개의 image로 inhomogeniety correction을 한다.
5. 이후는 Normalize Intensity과정부터 Jonas의 홈페이지에 나온 instruction 대로 하면 된다.
2006년 11월 24일 금요일
몸살기운...
겨울이 다가와서 그런건지, 내 정신 상태가 약해져서 그런건지...
어쨌든 몸살이다...
실험도 해야하고, data 분석도 해야 하는데..
영 몸이 정상으로 안 돌아와서 고민이다...
어쨌든 몸살이다...
실험도 해야하고, data 분석도 해야 하는데..
영 몸이 정상으로 안 돌아와서 고민이다...
2006년 11월 22일 수요일
11/22 psychophysics
1. near adapted / low contrast / varying correlation
- 1번의 session으로 각 포인트 ( 1 disparity & 1 correlation )에 2개의 trials를 하게 되는 셈이다. 따라서 적절한 data를 모으기 위해서는 적어도 5 session은 해야 한다.
2. 한 피험자당 해야 하는 session수
- near adapted
- low contrast / varying correlation - 5 session
- high contrast / varying correlation - 5 session
- low correlation / varying contrast - 5 session
- high correlation / varying contrast - 5 session
- far adapted
- low contrast / varying correlation - 5 session
- high contrast / varying correlation - 5 session
- low correlation / varying contrast - 5 session
- high correlation / varying contrast - 5 session
- 따라서 총 40 session이나 된다. 총 40 시간... 여기에서 data가 좀 적다고 생각될 경우에는 10 session정도는 더 얻어야 한다. 그리고 실험 시작전에 contrast / correlation calibration이 각각 1 시간씩 들어간다.
- 따라서 한 피험자당 최소 42시간, 최대 52시간까지 소요될 수 있다.
- 빨리 다른 피험자들 실험을 진행해야하겠다.
- 1번의 session으로 각 포인트 ( 1 disparity & 1 correlation )에 2개의 trials를 하게 되는 셈이다. 따라서 적절한 data를 모으기 위해서는 적어도 5 session은 해야 한다.
2. 한 피험자당 해야 하는 session수
- near adapted
- low contrast / varying correlation - 5 session
- high contrast / varying correlation - 5 session
- low correlation / varying contrast - 5 session
- high correlation / varying contrast - 5 session
- far adapted
- low contrast / varying correlation - 5 session
- high contrast / varying correlation - 5 session
- low correlation / varying contrast - 5 session
- high correlation / varying contrast - 5 session
- 따라서 총 40 session이나 된다. 총 40 시간... 여기에서 data가 좀 적다고 생각될 경우에는 10 session정도는 더 얻어야 한다. 그리고 실험 시작전에 contrast / correlation calibration이 각각 1 시간씩 들어간다.
- 따라서 한 피험자당 최소 42시간, 최대 52시간까지 소요될 수 있다.
- 빨리 다른 피험자들 실험을 진행해야하겠다.
2006년 11월 21일 화요일
11/21 psychophysics 계획
1. 이전 결과 정리
- contrast range : 0.03~0.37 [Threshold : 0.2]
- correlation range : 0.2~0.43 [Threshold : 0.3]
- contrast range는 coherence를 50%로 두고 얻은 결과, correlation은 contrast를 0.2에 두고 얻은 결과
- 각각의 range는 correct answer 비율이 30%~80%인 구간으로 설정했다.
2. 일단 오늘은 이전에 했던 low contrast / varying coherence 조건을 한번 더 해봐야 할 것 같다.
- fixed trials로 2 session한 후에 결과를 볼 것
* 오늘 해야 할 일
- 하나의 프로그램으로 fixed contrast 실험을 다 할 수 있도록 해야 함. - done
- fixed contrast의 경우 low contrast는 0.1, high contrast는 0.3으로 잡았다. 이건 임의로 잡아도 되는 값이니까.. 근데 0.1이 너무 낮아보기도 한다. 이건 Dali에서 해보고 낮으면 그때 바꿔야 할 것 같다. -> Dali에서 linearized된 CLUT 을 사용했을 때는 적절하게 보였다.
- correlation range는 0.2~0.5 사이의 13단계다.
3. 결정해야 할 사항
1) fixed contrast 실험에서 low / high contrast point - done
2) fixed coherence 실험에서 low / high coherence point
3) 실험에 사용할 contrast / coherence range
4. 해야 할 psychophysics 조건들...
1) low contrast / varying coherence - 이전에 이미 한번 했었다. 그렇지만 staircase exp. 였기 때문에 threshold를 찾기가 힘든 부분이 있었다. 이번에 새로 모니터를 바꾸면서 이 실험을 다시 해볼 계획이다.
2) high contrast / varying coherence
3) low coherence / varying contrast
4) high coherence / varying contrast
- contrast range : 0.03~0.37 [Threshold : 0.2]
- correlation range : 0.2~0.43 [Threshold : 0.3]
- contrast range는 coherence를 50%로 두고 얻은 결과, correlation은 contrast를 0.2에 두고 얻은 결과
- 각각의 range는 correct answer 비율이 30%~80%인 구간으로 설정했다.
2. 일단 오늘은 이전에 했던 low contrast / varying coherence 조건을 한번 더 해봐야 할 것 같다.
- fixed trials로 2 session한 후에 결과를 볼 것
* 오늘 해야 할 일
- 하나의 프로그램으로 fixed contrast 실험을 다 할 수 있도록 해야 함. - done
- fixed contrast의 경우 low contrast는 0.1, high contrast는 0.3으로 잡았다. 이건 임의로 잡아도 되는 값이니까.. 근데 0.1이 너무 낮아보기도 한다. 이건 Dali에서 해보고 낮으면 그때 바꿔야 할 것 같다. -> Dali에서 linearized된 CLUT 을 사용했을 때는 적절하게 보였다.
- correlation range는 0.2~0.5 사이의 13단계다.
3. 결정해야 할 사항
1) fixed contrast 실험에서 low / high contrast point - done
2) fixed coherence 실험에서 low / high coherence point
3) 실험에 사용할 contrast / coherence range
4. 해야 할 psychophysics 조건들...
1) low contrast / varying coherence - 이전에 이미 한번 했었다. 그렇지만 staircase exp. 였기 때문에 threshold를 찾기가 힘든 부분이 있었다. 이번에 새로 모니터를 바꾸면서 이 실험을 다시 해볼 계획이다.
2) high contrast / varying coherence
3) low coherence / varying contrast
4) high coherence / varying contrast
2006년 11월 20일 월요일
11/20 coherence calibration
- coherence calibration을 했다.
- contrast는 이전에 했던 contrast calibration에서 얻은 threshold level을 사용했고, coherence level은 0.2~0.6의 13 level을 사용했다.
- data는 ACcalib_061120_1840.mat이다.
- 결과는 아래와 같다.
- 평균 0.3 정도가 threshold level인 것 같다. 그리고 range는 0.2~0.43정도로 잡아야 할 것 같다.
- 따라서 앞으로는 이 level을 포함하는 threshold level을 정해서 실험을 진행해야 할 듯.
- contrast는 이전에 했던 contrast calibration에서 얻은 threshold level을 사용했고, coherence level은 0.2~0.6의 13 level을 사용했다.
- data는 ACcalib_061120_1840.mat이다.
- 결과는 아래와 같다.
- 평균 0.3 정도가 threshold level인 것 같다. 그리고 range는 0.2~0.43정도로 잡아야 할 것 같다.
- 따라서 앞으로는 이 level을 포함하는 threshold level을 정해서 실험을 진행해야 할 듯.