2006년 11월 30일 목요일
Radiohead - Arpeggi
새로운 곡... radiohead의 특징이 잘 살아있는 곡인 것 같다..
약간 새로운 모습이 보이기도 하지만...
Radiohead
Arpeggi
Wolverhampton Civic Hall
16 May 2006
Lyrics
2006년 11월 28일 화요일
2006년 11월 26일 일요일
2006년 11월 25일 토요일
Brain Flattening 2
- 이전의 data를 이용해서 Normalize Intensity를 하면 눈이나 두개골이 완전히 제거되지 않는 문제가 있다.
- scan을 할때 scanner안의 Hot spot에 brain의 중심이 제대로 있지 못했기 때문에 field map이 균일하지 못하다. 이 field map은 signal의 intensity를 결정한다. 따라서 안구나 두개골 부분의 signal이 더 크게 되고, 프로그램이 두개골과 withe matter를 구분하지 못하는 문제가 생긴다.
따라서 이 inhomogeneity를 교정해줄 필요가 있다. 아래에서는 그 방법을 설명한다.
1. 2개의 scan이미지를 합친 data를 만든다.
2. preprocessing을 한다.
3. pp image를 가지고 VolumeViewer에서 White matter mask를 2개를 만든다.
- 하나는 두개골을 포함하지 않는 overlay (WM_org)
- pp image를 절반으로 자른 image를 준비한다.
- 최대한 white matter를 많이 포함하는 overlay를 준비한다. (WM_half)
4. matlab에서 3개의 image로 inhomogeniety correction을 한다.
5. 이후는 Normalize Intensity과정부터 Jonas의 홈페이지에 나온 instruction 대로 하면 된다.
- scan을 할때 scanner안의 Hot spot에 brain의 중심이 제대로 있지 못했기 때문에 field map이 균일하지 못하다. 이 field map은 signal의 intensity를 결정한다. 따라서 안구나 두개골 부분의 signal이 더 크게 되고, 프로그램이 두개골과 withe matter를 구분하지 못하는 문제가 생긴다.
따라서 이 inhomogeneity를 교정해줄 필요가 있다. 아래에서는 그 방법을 설명한다.
1. 2개의 scan이미지를 합친 data를 만든다.
2. preprocessing을 한다.
3. pp image를 가지고 VolumeViewer에서 White matter mask를 2개를 만든다.
- 하나는 두개골을 포함하지 않는 overlay (WM_org)
- pp image를 절반으로 자른 image를 준비한다.
- 최대한 white matter를 많이 포함하는 overlay를 준비한다. (WM_half)
4. matlab에서 3개의 image로 inhomogeniety correction을 한다.
5. 이후는 Normalize Intensity과정부터 Jonas의 홈페이지에 나온 instruction 대로 하면 된다.
2006년 11월 24일 금요일
2006년 11월 22일 수요일
11/22 psychophysics
1. near adapted / low contrast / varying correlation
- 1번의 session으로 각 포인트 ( 1 disparity & 1 correlation )에 2개의 trials를 하게 되는 셈이다. 따라서 적절한 data를 모으기 위해서는 적어도 5 session은 해야 한다.
2. 한 피험자당 해야 하는 session수
- near adapted
- low contrast / varying correlation - 5 session
- high contrast / varying correlation - 5 session
- low correlation / varying contrast - 5 session
- high correlation / varying contrast - 5 session
- far adapted
- low contrast / varying correlation - 5 session
- high contrast / varying correlation - 5 session
- low correlation / varying contrast - 5 session
- high correlation / varying contrast - 5 session
- 따라서 총 40 session이나 된다. 총 40 시간... 여기에서 data가 좀 적다고 생각될 경우에는 10 session정도는 더 얻어야 한다. 그리고 실험 시작전에 contrast / correlation calibration이 각각 1 시간씩 들어간다.
- 따라서 한 피험자당 최소 42시간, 최대 52시간까지 소요될 수 있다.
- 빨리 다른 피험자들 실험을 진행해야하겠다.
- 1번의 session으로 각 포인트 ( 1 disparity & 1 correlation )에 2개의 trials를 하게 되는 셈이다. 따라서 적절한 data를 모으기 위해서는 적어도 5 session은 해야 한다.
2. 한 피험자당 해야 하는 session수
- near adapted
- low contrast / varying correlation - 5 session
- high contrast / varying correlation - 5 session
- low correlation / varying contrast - 5 session
- high correlation / varying contrast - 5 session
- far adapted
- low contrast / varying correlation - 5 session
- high contrast / varying correlation - 5 session
- low correlation / varying contrast - 5 session
- high correlation / varying contrast - 5 session
- 따라서 총 40 session이나 된다. 총 40 시간... 여기에서 data가 좀 적다고 생각될 경우에는 10 session정도는 더 얻어야 한다. 그리고 실험 시작전에 contrast / correlation calibration이 각각 1 시간씩 들어간다.
- 따라서 한 피험자당 최소 42시간, 최대 52시간까지 소요될 수 있다.
- 빨리 다른 피험자들 실험을 진행해야하겠다.
2006년 11월 21일 화요일
11/21 psychophysics 계획
1. 이전 결과 정리
- contrast range : 0.03~0.37 [Threshold : 0.2]
- correlation range : 0.2~0.43 [Threshold : 0.3]
- contrast range는 coherence를 50%로 두고 얻은 결과, correlation은 contrast를 0.2에 두고 얻은 결과
- 각각의 range는 correct answer 비율이 30%~80%인 구간으로 설정했다.
2. 일단 오늘은 이전에 했던 low contrast / varying coherence 조건을 한번 더 해봐야 할 것 같다.
- fixed trials로 2 session한 후에 결과를 볼 것
* 오늘 해야 할 일
- 하나의 프로그램으로 fixed contrast 실험을 다 할 수 있도록 해야 함. - done
- fixed contrast의 경우 low contrast는 0.1, high contrast는 0.3으로 잡았다. 이건 임의로 잡아도 되는 값이니까.. 근데 0.1이 너무 낮아보기도 한다. 이건 Dali에서 해보고 낮으면 그때 바꿔야 할 것 같다. -> Dali에서 linearized된 CLUT 을 사용했을 때는 적절하게 보였다.
- correlation range는 0.2~0.5 사이의 13단계다.
3. 결정해야 할 사항
1) fixed contrast 실험에서 low / high contrast point - done
2) fixed coherence 실험에서 low / high coherence point
3) 실험에 사용할 contrast / coherence range
4. 해야 할 psychophysics 조건들...
1) low contrast / varying coherence - 이전에 이미 한번 했었다. 그렇지만 staircase exp. 였기 때문에 threshold를 찾기가 힘든 부분이 있었다. 이번에 새로 모니터를 바꾸면서 이 실험을 다시 해볼 계획이다.
2) high contrast / varying coherence
3) low coherence / varying contrast
4) high coherence / varying contrast
- contrast range : 0.03~0.37 [Threshold : 0.2]
- correlation range : 0.2~0.43 [Threshold : 0.3]
- contrast range는 coherence를 50%로 두고 얻은 결과, correlation은 contrast를 0.2에 두고 얻은 결과
- 각각의 range는 correct answer 비율이 30%~80%인 구간으로 설정했다.
2. 일단 오늘은 이전에 했던 low contrast / varying coherence 조건을 한번 더 해봐야 할 것 같다.
- fixed trials로 2 session한 후에 결과를 볼 것
* 오늘 해야 할 일
- 하나의 프로그램으로 fixed contrast 실험을 다 할 수 있도록 해야 함. - done
- fixed contrast의 경우 low contrast는 0.1, high contrast는 0.3으로 잡았다. 이건 임의로 잡아도 되는 값이니까.. 근데 0.1이 너무 낮아보기도 한다. 이건 Dali에서 해보고 낮으면 그때 바꿔야 할 것 같다. -> Dali에서 linearized된 CLUT 을 사용했을 때는 적절하게 보였다.
- correlation range는 0.2~0.5 사이의 13단계다.
3. 결정해야 할 사항
1) fixed contrast 실험에서 low / high contrast point - done
2) fixed coherence 실험에서 low / high coherence point
3) 실험에 사용할 contrast / coherence range
4. 해야 할 psychophysics 조건들...
1) low contrast / varying coherence - 이전에 이미 한번 했었다. 그렇지만 staircase exp. 였기 때문에 threshold를 찾기가 힘든 부분이 있었다. 이번에 새로 모니터를 바꾸면서 이 실험을 다시 해볼 계획이다.
2) high contrast / varying coherence
3) low coherence / varying contrast
4) high coherence / varying contrast
2006년 11월 20일 월요일
11/20 coherence calibration
- coherence calibration을 했다.
- contrast는 이전에 했던 contrast calibration에서 얻은 threshold level을 사용했고, coherence level은 0.2~0.6의 13 level을 사용했다.
- data는 ACcalib_061120_1840.mat이다.
- 결과는 아래와 같다.
- 평균 0.3 정도가 threshold level인 것 같다. 그리고 range는 0.2~0.43정도로 잡아야 할 것 같다.
- 따라서 앞으로는 이 level을 포함하는 threshold level을 정해서 실험을 진행해야 할 듯.
- contrast는 이전에 했던 contrast calibration에서 얻은 threshold level을 사용했고, coherence level은 0.2~0.6의 13 level을 사용했다.
- data는 ACcalib_061120_1840.mat이다.
- 결과는 아래와 같다.
- 평균 0.3 정도가 threshold level인 것 같다. 그리고 range는 0.2~0.43정도로 잡아야 할 것 같다.
- 따라서 앞으로는 이 level을 포함하는 threshold level을 정해서 실험을 진행해야 할 듯.
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